남조선과도입법의원에는 특별위원회로 행정조직법기초위원회를 두었고, 이 위원회에서 남조선과도행정조직법초안을 작성하여 1947년 2월 27일 제23차 입법의원 본회의에 상정하였다. 이 법안의 제출이유에 대해 행정조직법기초위원회 위원장 신익희는 남쪽 해방공간의 행정조직을 규정하여 남북의 통일된 임시정부가 수립될 때까지 과도적 행정의 기초를 하기 위한 것이라고 밝혔다. 입법의원에서는 이 법안의 비민주적 성격, 주한미군사령부의 권한 침해, 헌법채택을 기다려야 한다는 점 등이 지적되었다. 그리고 법제사법위원회에 회부하여 심사보고하도록 결정하였다. 다만, 행정조직법기초위원회안은 이후 남조선과도약헌과 임시헌법기초위원회안이 제출되어 논의됨으로써 다시 상정되지 않았다.
남조선과도행정조직법 초안(이른바 행정조직법기초위원회안 또는 신익희안)은 5장 57개조로 편제되었다. 이 법안은 남쪽 해방공간(북위 38도 이남의 남조선)의 행정을 미군정으로부터 이양을 받아 민주주의원칙에서 발전시키는 것을 목적으로 하였다. 그리고 남북이 통일된 임시정부가 수립되어 이것을 대신할 법률이 제정될 때까지 그 효력을 가지는 잠정적인 정부형태를 구상하는 것으로 하였다. 미군정으로부터 행정을 이양하는 것을 목적으로 하고 있으며, 행정부 주석을 중심으로 중앙집권적 행정체제(대통령제)를 취하는 것으로 하였다. 행정부의 장으로 주석 이외에 부주석, 행정 총장을 두었는데, 주석과 부주석은 남조선과도입법의원에서 선거한다. 이 법안은 당시의 미군정체계를 접수하여 조선인화 하려는 의도가 내포된 것으로 보인다. 그리고 이 안은 행정부에 관한 행정조직법안의 성격을 가지는 것이기 때문에 국민의 권리와 의무에 관한 조항은 포함하지 않았다.
