반민족행위처벌법과 그 부수법률들
1) 「반민족행위처벌법」의 제정(1948년 9월 22일 법률 제3호)
① 초안의 기초경위 및 주요 내용
1948년 헌법 제23조가 「모든 국민은 행위시의 법률에 의하여 범죄를 구성하지 아니하는 행위에 대하여 소추를 받지」 아니한다는 형벌불소급의 원칙을 규정했으나, 1948년 헌법 제101조는 그에 대한 예외로서 해방 전의 친일 반민족행위자를 소급처벌할 수 있도록 규정하였으므로(「이 헌법을 제정한 국회는 단기 4278년 8월 15일 이전의 악질적인 반민족행위를 처벌하는 특별법을 제정할 수 있다」) 이러한 특별법을 제정하는 것은 제헌국회의 입법과제가 되었다. 제헌국회에서는 특히 정부수립에 수반하여 이루어질 대한민국의 공무원 임용시에 이러한 반민족행위자가 배제되어야 한다는 인식 아래 정부수립 이후의 첫 입법발의로서(발의자 무소속 김웅진), 1948년 8월 5일 「반민처벌법기초위원회」의 설치를 발의했고 이는 가 105, 부 16표의 압도적 다수로 가결되었다. 이 발의 및 그에 이어지는 논의에서는 한민당과 독촉계에서도 속기록상 유의미한 반발을 보이지 않는데, 그 요인으로는 ① 한편으로 헌법상 규정된 반민족행위자 처벌을 원론적으로 반대할 명분이 없었다는 점, ② 다른 한편으로는 아직 이승만 정부의 조각(組閣)이 이루어지기 전인 이 시점까지는 한민당이 정부 사이의 제휴관계가 아직 유지되고 있었다는 점을 들 수 있을 것이다. 다만 기초위원회의 위원 구성은 한민당 측(조헌영)의 반대에 불구하고 표결 결과 도(道)별 3인씩(제주도는 1인) 총 28명으로 결정되었는데, 이는 호남 곡창지역 지주계층에 상대적으로 편중되어 있던 한민당이 기초위원회의 구성에 미칠 수 있는 영향력을 줄이는 요인이 되었다.
제42차 본회의에 「반민족행위처벌법」 초안을 상정한 기초위원장 김웅진의 설명에 따르면 기초위원회는 8월 5일부터 14일까지 (i) 일본의 공직추방령, (ii) 북한 인민위원회의 법안, (iii) 중화민국의 전범자 처벌입법 등을 참고하여 이를 기초했다고 하는데, 그 밖에도 남조선과도입법의원에서 관선의원들을 중심으로 성안했으나 미군정청의 인준보류로 폐기되었던 「부일협력자·민족반역자·간상배(奸商輩)에 관한 특별조례」도 참고자료로 활용되었다.
먼저 초안의 내용을 개관하면 다음과 같다. 제1장 「죄」(제1조 내지 제8조)에서는 처벌대상을 ① “일본정부와 통모하여 한일합병에 적극협력한 자” 등 재량의 여지 없이 처벌해야 하는 「당연범」(제1조 내지 제3조)과 ② 일본정부로부터 “습작(襲爵)한 자” 등 일정 사유(12종)에 해당하여 처벌을 “할 수” 있도록 규정한 「선택범」(제4조)으로 나누어서 규정하는 한편, 전자를 포함하여 이 법에 규정한 죄를 범한 자라고 하더라도 “개전의 정상이 현저한 자는 그 형을 경감 또는 면제할 수 있다”고 규정함으로써(제6조) 부가적인 재량을 부여하였다. 이러한 「죄」 즉 반민족행위를 예비조사하기 위한 기관으로 초안은 제2장에서 「특별조사위원회」(약칭 「반민특위」)를 규정하는데, 위원회는 국회의원 중에서 독립운동 경력 등이 있는 자 중에서 국회가 선거한 10인의 위원으로 구성되는데(제7조), 특별조사위원은 불체포특권과 행동의 자유(제10조, 제15조)를 가지며 정부 기타 기관의 협력을 얻어 문서조사와 실지조사를 행하고(제13조, 제14조), 이에 기초하여 조사보고서를 작성하고 의견서를 첨부하여 특별검찰부에 이를 제출한다(제16조). 이러한 반민특위의 조사보고서에 기초하여 반민족행위자를 소추·재판할 기구로서 제3장은 대법원에 부치하는 「특별재판부」와 더불어 그에 병치되는 「특별검찰부」를 규정하는데, 「특별재판부」는 국회의원 5인, 고등법원 이상의 법관이나 변호사 6인, 일반 사회인사 5인으로 구성되는 16인의 재판관(재판부 부장 1인, 부장재판관 3인, 재판관 12인으로 조직됨)으로 구성되고, 「특별검찰부」는 국회에서 선거한 검찰관장 1인, 차장 1인, 검찰관 7인으로 구성한다. 특히 이들 재판관과 검찰관은 국회의원인 경우를 포함하여 “정당에 관여하지 못”하며(제23조) 이 법에 의한 재판은 형사소송법에 의한 절차에 따르되 단심제로 한다(제27조). 또한 부칙에서도 중요한 규정을 담고 있는데, 첫째로 이 범에 의한 죄의 공소시효는 “본법 공포일로부터 기산하여 1년을 경과함으로써 완성된다”(제28조. 단, 도피중에는 중단된다). 또한 “본법 공포일로부터 이후에 행한 그 재산의 매매, 양도, 증여, 기타의 법률행위는 일체 무효로 한다”(제30조)는 조항도 이후 국회 본회의에서 논란의 대상이 되었다.
② 국회 본회의에서의 심의와 수정
제42차 본회의(1948년 8월 17일)부터 시작된 대체토론에서 초안은 (i) 한편으로는 1948년 헌법 제101조가 「악질적인」 반민족행위자만을 처벌하도록 규정하고 있음에 비추어 처벌대상이 지나치게 광범위하거나 모호하다는 등의 비판과 (ii) 다른 한편으로는 정반대로 “개전의 정상이 현저한 자”의 형을 감면하는 조항 등이 반민족행위자의 처벌보다는 그 면제의 빌미가 된다는 비판에 양면으로 부딪쳤고, 이에 한민당 측(정광호, 김준연, 조영규)에서는 초안을 기초위원회와 법사위원회의 연석회의에 회부하여 수정 후 재상정할 것을 제의하기도 했으나 미결로 거부되고 본회의에서 이를 제2독회에 넘기기로 하였는데, 한민당이 법사위원회의 개입을 거듭 요구한 이유는, 제헌국회 개원 초의 법사위원회 위원장(백관수)과 간사 2인 중 1인(서우석)이 모두 한민당원이었던 데 기인하는 것으로 보인다. 전술한 이유로 다양한 수정안들이 제출될 것으로 예상되기 때문에 제2독회의 효율을 위해 수정안들은 사전에 기초위원회가 그 제안자들과 연석하여 이를 취합·선별하여 본회의에 제시하도록 하였고, 이에 따라 기초위원회는 제출된 수정안 49건 중 16건을 채택하여 제2독회에 제시했다.
한편 우익세력의 반발도 제2독회를 전후하여 본격화하기 시작했다. 먼저 김인식 의원이 새 내각의 상공부차관(임문항)·법제처장(유진오)의 친일행적을 폭로함에 따라 국회에서 「정부 내 친일파 숙청에 대한 건의(建議) 특별조사위원회」를 구성하고 그 위원장이 된 김인식의 조사결과에 따라 정부에 대한 건의로 이어졌고, 이 때부터 「대통령은 민족의 신성이다. 절대 순응하라」, 「반민족 처단을 주장하는 놈은 공산당의 주구(走狗)」라는 내용의 협박장이 국회의원 등에게 살포된 데 이어 김인식 의원의 발언 도중에 방청석에서 청년이 「집어쳐라!」는 고함과 함께 회의장에 삐라를 살포하는 사건이 발생하기도 하였다.
이러한 우여곡절 곡에서 진행된 제2독회에서 가장 논란의 대상이 되었던 것은 「선택범」의 범죄구성요건을 규정한 제4조 각호(各號)였으나, 이는 결국 ① 「5. 독립을 방해할 목적으로 조직된 중앙단체의 수뇌간부 되었던 자」를 「5. 독립을 방해할 목적으로 단체를 조직했거나 그 단체의 수뇌간부로 활동하였던 자」로 그 대상을 확대하고, ② 「7. 국내에서 대규모인 군수공업을 책임경영한 자」를 「7. 비행기, 병기 또는 탄약등 군수공업을 책임경영한 자」로 보다 명확하게 규정한 것을 제외하면 모두 원안대로 가결되었다. 그리고 제4조에 관한 논의가 끝난 뒤 나머지 조항들은 거의 모두 이의 없이 초안 그대로 통과되었다.
그 밖에 본회의에서는 초안에 없던 「일본 치하에 고등관 3등급 이상, 훈 5등급 이상을 받은 관리 또는 헌병보 고등경찰의 직에 있었던 자는 본 법의 공소시효 경과 전에는 공무원에 임명될 수 없다. 단 기술관은 제외한다」는 조항을 신설(법 제5조)함으로써 일제강점기 고위직에 있던 자에 한하여는 공무담임권을 전면 박탈하는 한편, 이 법에 정한 죄의 공소시효는 초안에서 규정했던 「본법 공포일로부터 기산하여 1년」을 「2년」으로 연장했다. 또한 이 법이 규정한 반민족행위자가 「본법 공포일로부터」 그 이후에 행한 재산의 매매, 양도, 증여 등 법률행위를 무효로 규정한 초안 규정은 “이 법이 공포될 때까지의 기간 동안 재산을 처분·은닉할 우려가 크다”는 지적에 따라 「대한민국헌법 공포일로부터」의 처분행위를 소급하여 무효로 하는 것으로 수정하였고(법 제31조), 「제6조 개인을 모함할 목적으로 본 법에 규정한 범죄에 관하여 허위의 신고를 한 자는 당해 신고 내용에 해당한 범죄규정으로 처벌한다」는 조항을 「타인을 모함할 목적 또는 범죄자를 옹호할 목적으로 본 법에 규정한 범죄에 관하여 허위신고, 위증, 증거인멸을 한 자 또는 범죄자에게 도피의 길을 협조한 자는 당해 내용에 해당한 범죄규정으로 처벌한다」는 것으로 수정함으로써 반민족행위자를 돕는 행위에 대한 처벌범위도 확장했다.
③ 법률의 시행에 대한 이승만 정부의 반발
국회는 위 내용으로 「반민족행위처벌법」을 9월 7일 수정가결하고 다음날 정부로 이송했으며, 이승만 정부는 그로부터 헌법상의 공포시한(15일 이내) 직전인 9월 22일 이를 법률 제3호로 공포했다. 이 법안의 제2독회가 진행 중이던 9월 3일부터 이승만은 다음과 같은 담화를 발표함으로써 위 법률의 시행에 대해 비협조적인 태도를 시사한 바 있다. 「지금 국회에서 이 문제로 많은 사람이 선동되고 있으니 내가 한 번 더 설명하고자 하는 바는, 이때가 이런 문제로 민심을 이산시킬 때가 아니요, 이렇게 하는 것으로 이 문제 처단이 되지 못하고 백만으로 손해만 될 뿐이니,…(중략)…무익한 언론으로 서로서로 인신공격을 일삼지 말고 지혜로운 방식을 만들어 민중이 다 복종할 만한 경우를 차려놓고 속히 판결될 만한 것을 마련하여야 될 것이다. 정부나 단체에서 아무런 공평한 방식을 연구할지라도 필경은 시행되지 못하고 도리어 남의 조소만 듣게 될 것」이라는 것이었는데, 국회에서 김명동(청구회) 의원은 이러한 이승만 담화가 “취소되기 전에는 이 국회로서 이 법안을 토의할 필요가 없을” 것이라고 반발하기도 했다. 그리하여 9월 8일 법률을 이송받은 정부에서는 이러한 이승만의 태도에 따라 당초 (i) 제2조·제4조에서 「습작한 자 또는 칙임관 이상」이라 규정한 것은 행위가 아닌 직위 자체에 대한 처벌이라는 점, (ii) 특별조사위원 및 특별재판관에 국회의원을 포함시킨다는 점에서 위헌성이 있다는 등의 사유로 이를 환부(還付)하려고도 했으나 그리할 경우 정부의 경제정책 법률안인 「양곡매입법」안에 대한 국회의 협조를 기대할 수 없다는 판단에서 번의하여 법률을 공포한 것으로 알려져 있다. 그러나 공포 직후인 9월 24일에도 이승만은 재차 담화를 발표하여, ① 「정신적으로 용서를 받을 만한 경우도 있을 것을 참작」하여 억울한 일이 없도록 힘써야 하고, ② 「개전의 정이 현저할 때」에 형을 감면할 수 있다는 규정을 적극 적용하여야 할 것이며, ③ 특히 반민족행위자의 처벌은 「정부가 완전히 된 후에」 해야 한다고 강조하였다.
2) 관련 조직법 등의 정비
「반민족행위처벌법」 제9조에 따라 반민특위를 구성하자는 김인식 외 19인 의원의 9월 20일자 긴급동의에 따라 조사위원 10인을 국회 승인을 거쳐 각 도별로 선임했고, 이들 위원은 김상덕을 위원장에, 김상돈을 부위원장에 호선했다. 그리고 조사위원으로 선정된 김상덕 외 9인은 「반민족행위 특별조사기관 조직법」안과 「반민족행위 특별재판부 부속기관 조직법」안을 국회에 제출했는데, 이들 법안은 곧 본격적인 활동을 개시할 반민특위의 업무인력을 보강하는 한편, 특위의 조사활동에 터잡아 반민족행위자를 소추·처벌할 기구들의 사무조직을 보강하기 위해 제안된 것이다. 그리고 이러한 준비작업과 아울러, 「반민족행위처벌법」 자체에 대해서도 보강이 이루어졌다.
① 「반민족행위처벌법」의 제1차 개정(1948년 12월 7일 법률 제13호)
제정될 당시의 반민족행위처벌법은 「특별검찰관은 검찰상 필요에 의하여 특별조사위원 또는 사법경찰관을 지휘명령할 수 있다」고 규정했으나(제26조 제2항) 「특별조사위원」에게는 그런 권한을 주지 않았다. 따라서 그러한 권한을 신설함으로써 반민특위의 기능을 강화하는 것이 개정안의 가장 중요한 골자였다(제15조 제2항 신설). 그 밖에 부수적으로, 위 제26조 제2항에서는 특별검찰관이 국회의원을 포함하는 특별조사위원에 대해 상급자라 보기 어려운 만큼 「지휘명령」을 하도록 하는 대신 「재조사를 위촉」할 수 있도록 문구를 개정했다. 그리고 역시 특별검찰부와 특별조사위원회의 수평적 관계를 전제로 하여, 기소 여부에 관한 특별검찰부의 결정이 부당하다고 인정할 경우에 특위가 「특별검찰관 전원의 합의에 의한 재고려」를 요구할 수 있도록 하는 규정을 신설했다(제26조 제1항).
② 「반민족행위특별조사기관조직법」, 「반민족행위특별재판부부속기관조직법」의 제정(1948년 12월 7일 법률 제14호, 제15호)
먼저 14개조로 이루어진 「반민족행위특별조사기관조직법」 초안은 특위 기구로서 중앙사무국과 각 도 조사부로 나누되 중앙사무국의 경우 총무부(部)와 제1(정치 방면)·제2(산업경제 방면)·제3(일반사회 방면) 조사부로 나누어 각 방면별 조사를 분장하도록 하고, 특히 조사인력의 규모에 관하여 총무부에는 부장과 「사무관 15인 이내」를, 그 밖의 부에는 부장 외에 「조사관 7인 이내, 정보관 10인 이내」를 두도록 했다. 한편 도 조사부에는 그에 상응하여 부(部)가 아닌 과(科)를 두고, 각 과에는 과장 외에 「조사관, 사무관, 정보관을 합하여 20인 이내」를 두도록 했다(제3조, 제5조). 이들 조사부·조사과의 9급 이상 직원은 사법경찰관, 9급 미만 직원은 사법경찰리의 각 직무권한을 가지고(제7조), 각 도의 조사부 책임자는 도지사, 각 과장은 정부 3급 관리와 동일한 대우와 보수를 받도록 함으로써(제9조) 조사인력의 수사권을 보장하는 내용으로 규정했다.
이 초안을 회부받은 국회 법사위(위원장 백관수)는 이 초안을 축약하여 7개조와 부칙으로 된 수정안을 작성했는데, 초안에 비해 특위의 조사인력과 기능을 대폭 축소하는 내용이었다. 즉 수정안은 중앙사무국과 도 조사부의 각 분과 규정을 모두 없앴을 뿐 아니라, 중앙사무국에는 국장 외에 「조사관과 서기 각 15인 이내」, 각 도의 사무분국에는 「조사관과 서기 각 3인 이내」만을 둘 수 있도록 했으며, 아울러 직원 중에서도 「조사관」만이 사법경찰관의 사무를 행할 권한이 있도록 수정했다. 이러한 수정안에 대해 특위 위원인 김상덕·김명동은 “전국 각 지방에 산재해 있는 반민족행위자의 조사를 철저히 하기 위해서는 초안대로 통과되어야 한다”고 주장하였으나, 초안과 같이 방대한 인원·조직을 두는 것은 예산 사정상 과하다는 법사위 측의 의견이 우세하여 법률은 수정안의 내용 그대로 통과되었다.
한편 총 5개조로 구성된 「반민족행위특별재판부부속기관조직법」안은 반민족행위 특별재판부·특별검찰부에 각각 대법원·대검찰청 서기국에 상응하는 「특별서기국」을 두어, 특별재판부 서기국에는 16인 이내의, 특별검찰부 서기국에는 9명 이내의 서기관을 각각 두는 것을 내용으로 했다. 이는 반민특위의 경우와 달리 전국적 차원의 대규모 조직을 요하는 것이 아니라 순전히 재판·소추기관의 소규모 사무조직을 규정한 것에 불과했기 때문에, 아무런 수정 없이 특위 측의 요청 그대로 법률로 확정되었다.
3) 특위 활동의 본격화와 이승만 정부의 저항
① 이승만 정부와 국회의 갈등 고조
반민특위의 도(道) 조사부 책임자까지 모두 선임됨으로써 특위의 지방조직까지 완비된 것은 1949년 2월 12일에 이르러서였지만, 그럼에도 특위는 1949년 1월 초부터 활동을 개시하여 1월 8일 「화신」재벌의 자본가 박흥식이 처음으로 체포되었고 10일에는 반민족행위처벌법이 「망민법(亡民法)」이고 반민특위가 공산당의 주구(走狗)라는 등의 기사를 연이어 게재한 『대한일보』의 사장 이종형, 그리고 뒤이어 최린·최남선·이광수, 그리고 노덕술·김태석·김덕기를 위시한 경찰·헌병 관계자들이 체포되었다. 그러나 이와 같이 체포대상에 이승만 정부 관계자들이 포함되기 시작하자 이승만은 「명확한 사실과 증거 및 법에 의한 처단」을 강조하는 담화를 내어 반민특위 활동에 제동을 걸었고, 특히 1월 25일 노덕술이 체포되자 반민특위 위원장 및 위원 6,7명을 불러 그를 석방하도록 종용했다. 그리고 특위가 이 요구를 거부하자 이승만은 2월 2일 「반민특위의 활동은 3권분립에 위배된다」는 담화를 발표한 데 이어, 16일에는 「검찰과 내무부에 지시하여 특경대를 폐지하여 특위 위원들의 체포·구금행위를 금지하도록 했으며, 정부에서 반민법 개정안을 작성하여 국회에 제출케 하는 중」이라는 특별담화를 발표했다. 이에 대해 국회는 다음날 위 대통령 담화의 취소를 요구하는 동의안을 근소한 다수결로 통과시켰다(재석 119명 중 가 60, 부 11표).
② 정부의 「반민족행위처벌법」 개정시도의 좌절
이어 1949년 2월 22일 정부에서는 실제로 「반민족행위처벌법」 개정안을 국회에 제출했는데, 그 내용은 「3권분립의 원칙상 3부(府)로부터 독립된 기관을 둘 수 없다」는 명분 하에 반민특위를 비롯한 반민족행위자 소추·처벌기구의 인사와 활동을 모두 정부에 종속시키는 것이었다. 그 골자를 살펴보면 ① 일제강점기 「고등경찰의 직에 있던 자」에 「로서 악질적인 반민족행위를 한 자」라는 요건을 부가함으로써 이를 선별소추할 수 있도록 하고(제5조), ② 특별조사위원은 「대통령이 임명」하도록 하는 한편, 독립된 기구로서 규정되어 있던 특별조사위원회를 「대검찰청에」 설치하고, 특위는 「검찰총장에게 의견을 제출」할 수 있을 뿐(제9조, 제9조의2) 독자적인 수사 내지 조사기능은 전혀 갖지 않도록 하였다(제12·14·17조 삭제). ③ 마찬가지로 특별재판관과 특별검찰관도 모두 국회에서 선거하지 않고 「대통령이 임명」하며(제21조) 특히 특별검찰부는 「대검찰청」에 두며 검찰부장은 「검찰총장의 명을 받아」 부의 사무를 지휘감독하도록 했다(제20조). 이 개정안에 대해 대체토론을 마친 국회는 이 법안을 제2독회로 넘겨 심의를 계속하기를 거부하였고(재석 157인 중 가 59, 부 80표로 부결) 이로써 법안 자체가 폐기되어 국회는 반민특위를 법적으로 무력화하려는 시도를 저지할 수 있었다.
4) 반민특위와 국회에 대한 정부의 물리적 반격과 관련 기구들의 쇠퇴
① 이승만 정부의 물리적 반격
이와 같이 입법절차적 수단으로 반민특위의 활동을 약화하려는 시도가 좌절되자, 이승만 정부에 남은 수단은 물리력으로 직접 특위의 활동을 방해 내지 봉쇄하는 것밖에 남지 않았다. 이승만은 1949년 4월 16일 직접 반민특위 활동의 중지와 특경대 해산을 지시했고, 이는 6월 6일 물리력에 의한 특경대 해산의 강제집행으로 이어졌다. 이로써 반민특위는 기존에 이미 조사한 반민족행위 혐의자를 제외하고 새로운 혐의자를 조사하는 것이 사실상 불가능하게 되었다. 아울러 이러한 사태의 전개와 더불어 세칭 「국회 프락치 사건」이 시작되었다. 제3회 국회가 개원하기 전날인 5월 20일 검찰은 이문원, 이구수, 최태규 3인 의원을 남로당과 연계하여 국회 내에서 「프락치」 활동을 한 혐의로 구속한 것을 비롯하여, 제4회 국회가 개원하는 7월을 앞두고는 노일환, 김옥주, 강욱중, 박윤원, 황윤호, 김병회(이상 6월 20일), 그리고 국회부의장 김약수(6월 25일)를 잇따라 구속하였는데, 특히 그 중 노일환은 특별검찰관의 일원이었다.
② 「반민족행위처벌법」의 제2차 개정(1949년 7월 20일 법률 제34호)
그런 가운데 1949년 7월 초 제4회 국회가 개원함과 동시에, 조영규 외 20인 의원이 「반민족행위처벌법 개정법률안」을 국회에 제출했다. 이 법률안은 반민특위에 의해 추가적인 조사활동이 현실적으로 이루어질 수 없는 여건을 반영하여 ① 특별검찰부의 공소시효는 종전의 「법 공포일로부터 2년」으로부터 「단기 4282년(=1949년) 12월 말일」까지로 단축하되, ② 특별재판관과 특별검찰관의 수는 약 2배로 늘리고, ③ 한편 반민족행위자의 분묘에 설치된, 일제 서훈 등이 새겨진 비석 등 「일체의 특수한 시설」 등을 불허하며 기존의 시설물은 유가족 대표자가 철훼하도록 하였다. 그러나 이 법률안을 회부받은 법사위에서는 위 ①의 공소시효 조항만을 남기고 나머지는 모두 삭제하는 수정안을 내놓았고, 특별검찰관 중 한 사람인 곽상훈(일민구락부)은 공소시효 만료일을 1949년 「8월 말일」로 더욱 단축하는 수정안을 제출했다. 이 문제를 둘러싸고 반발도 있었지만, 7월 6일 곽상훈 의원의 수정안이 결국 통과되어(재석 136, 가 74, 부 9) 20일 정부에 의해 공포되었다. 「국회 프락치 사건」으로 국회 내의 소장파가 대거 숙청 내지 위축되면서, 정부의 압력으로부터 반민특위의 기능을 지켜낼 수 있는 국회의 역량이 소진되었던 것으로 볼 수 있다.
③ 「반민족행위처벌법」의 제3차 개정과 관련 법률들의 폐지(1949년 10월 4일 법률 제54호, 제55호)
앞서 구속된 노일환뿐 아니라 특별검찰관 중 또 한 사람인 서용길 의원도 내사를 받는 상태에서(8월 10일 구속) 특별검찰부의 활동은 이미 사실상 정지되고 있었고, 그런 중에 공소시효마저 약 1개월 뒤로 단축되자, 활동이 현실적으로 현저하게 곤란해진 기존의 특별검찰관과 특별재판관들, 그리고 김상덕 위원장 이하 특별조사위원 전원이 총사직을 단행하였고 이로써 반민족행위자에 대한 조사·소추·재판기관들은 모두 사실상 그 활동이 마비되었다.
이후 9월 22일에는 이들 기관의 폐지를 공식화하는 법률개정이 시작되었다. 이승만 정부에서 법무부장관을 역임했던 이인 외 48명의 친이승만계 의원들은 이 날 ① 「반민족행위처벌법」의 개정법률안과 ② 「반민족행위특별조사기관조직법 급(及) 반민족행위특별재판부 부속기관조직법 폐지안」을 동시에 제출했다. 전자의 개정안은 (i) 이미 기능을 상실한 「반민족행위처벌법」에서 반민특위에 관한 「제2장 특별조사위원회」, 그리고 특별재판부·특별검찰부에 관한 「제3장 특별재판부 구성과 절차」의 규정을 모두 삭제하고, (ii) 종래부터 단심제로 규정되어 있었던 채로 당시까지 법원에 계속(繫屬)중이던 이 법률상의 소추와 재판은 각각 대검찰청과 대법원이 각각 이어서 담당하도록 하는 내용이었고, 후자의 법률안은 말 그대로 반민특위와 특별재판부·특별검찰부의 조직을 폐지하는 것이었다. 당초 「반민족행위처벌법」이 제헌국회의 열띤 토론을 거쳐서 제정되었던 것과 판이하게, 이들 개폐(改廢) 법률안은 9월 22일 단 하루 동안 상정과 약간의 토론을 모두 마치고 같은 날 「제 독회를 생략하고」 원안 그대로 가결되어 정부에 이송되었다.
이에 따른 마지막 후속조치로서, 정부는 「반민족행위재판기관 임시조직법」안을 1949년 11월 8일 이 법률안을 국무회의에서 가결하여 17일 국회에 제출했는데, 그 골자는 반민족행위처벌법상에 의해 소추되었던 피고인에 대한 심판을 대법원 내에 설치되는 「임시특별부」에서 처리하도록 하는 것이었다. 이를 회부받은 법사위에서도 이를 원안 그대로 통과한 데 이어 본회의에서는 아예 아무런 심의를 하지 않았고, 다시 자구정리를 위임받은 법사위가 「정리 개소 없음」을 보고한 것을 끝으로 이는 확정된 법률로서 정부에 이송되어 12월 19일 법률 제78호로 공포되었다. 그러나 반민족행위처벌법 및 관련 법률들이 모두 폐지되어 있는 이상 이는 순전히 형식적인 조치 이상의 의미를 가질 수 없었다.
